Hola, Laure.
Gracias por tus comentarios. 
No es posible analizar directamente ambos documentos en Trados en ese formato. Tendrías que alinearlos y luego crear una traducción nueva con tu documento de origen y usar la memoria de traducción con la alineación para que se haga automáticamente la traducción y recién ahí revisarlo. Creo que no es conveniente, salvo que consideres que pueda ser válido guardar el contenido de lo que tienes que revisar en una memoria de traducción local.
Un saludo.