Hola de nuevo, Paz:
Viendo la situación tan compleja que tienes de cuentas y lío sobre facturación, creo que el mejor consejo que puedo darte es que te busques una buena asesoría fiscal que te ayude a poner todo en orden y resolver tus dudas.
Yo en su día contraté a una asesoría que se encarga de hacerme todas las declaraciones trimestrales del IVA junto con la declaración de la renta, además de resolver las dudas y problemas que me puedan surgir a la hora de facturar a clientes extranjeros o en situaciones que no controle. Pago solamente 40 € al mes y vivo tranquilo, así que creo que merece la pena, aunque entiendo que no todos puedan/quieran permitírselo.
En cualquier caso, a ver si alguien puede arrojarnos algo de luz sobre el ROI. A mí no me suena de nada… Yo lo más parecido que conozco es el IVA intracomunitario, en el que hay que darse de alta para colaborar con clientes de países que no sean España pero formen parte de la UE.
Siento no poder aportar más información… 
Un saludo.