Hola, Nuria.
Los archivos que se crean a partir de la base de datos cuando la abres en Multiterm son temporales y se pueden volver a crear aunque la cambies de ubicación, así que no creo que sea eso. Pero por las dudas, vuelve a abrir el glosario creado con un doble clic desde la nueva ubicación a ver si lo abre.
También prueba usar Multiterm Convert para convertir el Excel, en caso de que haya fallado algo en el proceso de conversión con Glossay Converter.
Un saludo.