Hola de nuevo, Marta:
Te recomiendo encarecidamente que utilices VidCoder para incrustar los subtítulos. VidCoder respetará la segmentación e incrustará tus subtítulos por defecto en color blanco. Explico todo el proceso en la tercera lección del módulo 2, si no recuerdo mal.
Ya me dirás si lo consigues.
¡Un saludo!