Hola, Silvia.
Sí, debes usar la función de Alineación de Trados que te permite generar memorias de traducción con las traducciones ya hechas que te proporcionó el cliente.
Puedes cargar los documentos en PDF, pero te recomiendo primero convertir los PDF a Word, revisar que estén bien de formato y recién luego hacer el proceso de alineación.
Saludos.