Te cuento el caso. En los resultados de una prueba de traducción de subtítulos que hice para una agencia, el revisor de esta me dijo que me había excedido en el límite de caracteres por línea de dos subtítulos, así como también el de los CPS de otros varios más. Con Aegisub me daban resultados diferentes a los de su editor, que parece ser que es EZTitles. Es muy raro, ¿no? ¿Puede ser esto debido a una mala configuración?
Por lo que describe Adrián, intuyo que el problema podría deberse a que se hayan marcado por error las casillas «Ignorar espacios en blanco» o «Ignorar puntuación» de la configuración del recuento de caracteres de Aegisub.
Esta opción está concretamente en el menú Ver/Opciones/Interfaz. Echad un vistazo porque, a menudo, ese suele ser el problema.