Hola, Paco.
Los segmentos con CM no son simplemente oraciones que sean iguales. Esas son las 100%. Los CM es cuando la oración aparece en el mismo contexto (misma ubicación del documento, mismas oraciones antes y/o después). Entonces una oración puede aparecer varias veces en un mismo documento y aun así no ser coincidencia de contexto.
Más allá de esto, puedes cambiar la configuración de Trados para que los 100% no tengas que confirmarlos manualmente y los pases de alto. Para hacerlo, debes ir a Archivo > Opciones > Editor > Autopropagación y debe quedarte así:
Un saludo.