Buenas, Pablo:
Acabo de ver el vídeo de nivel Pro del proyecto de Open Sonic, el de localizar gráficos con paint.net.
Recuerdo haber hecho cosas con ese programa por mi cuenta cuando todavía estaba en bachillerato. Ha llovido bastante desde entonces.
Hay un truco que quiero compartir con los compañeros y contigo y que uso en Photoshop, la aplicación Paint de Windows y seguro que Paint.net también lo tiene:
Si necesitas borrar un texto para escribir encima, cuando el fondo de la parte que quieres borrar tiene un color uniforme, puedes seleccionar el color del fondo con la herramienta cuentagotas, creo que es, y, después, seleccionas dibujar formas geométricas opacas y con relleno con el color seleccionado y tapar todo el texto. Normalmente, seleccionarías el rectángulo y lo estiras en altura y ancho hasta que tape todo el texto. Después puedes hacer lo que quieras encima.
Así borras en un pispás y no tienes que estar con el ratón poquito a poquito y con la imagen ampliada tanto tiempo, que suele hacer falta.
Saludos,
Jorge
Creo recordar que en el caso concreto del Open Sonic, como no tuvieras mucho cuidado la podías liar y el juego no te pillaba bien la fuente, por eso recomiendo hacer un proceso manual (no he probado a hacer exactamente lo que dices, pero si que estuve trasteando con algunos otros retoques). Pero oye, si con lo que dices funciona, ¡pues de lujo! Te animo a que lo pruebes con algún gráfico y nos cuentes, je, je. 
