¡Hola, Óscar!
En mi experiencia, lo más normal es que la empresa en cuestión te dé acceso al software de la base de datos que utilizan para informar de los bugs. En caso de los indies, suelo usar simplemente Microsoft Excel porque funciona bastante bien, pero en el mundo profesional se utilizan herramientas como JIRA o DevTrack.
Un saludo,
Pablo