Me ha gustado mucho que añadieras otros ejemplos porque, aunque no he probado el GTD, no me convence que se centre tanto en organizar. Yo lo puedo tener todo perfectamente organizado/clasificado, pero acabo por dejar todo lo no urgente sin hacer. Le daré una oportunidad al Autofocus combinado con http://zenhabits.net/zen-to-done-ztd-the-ultimate-simple-productivity-system A ver qué tal. 
¡Hola, Eli!
Creo que el tema es precisamente saber discernir entre lo urgente y lo importante. Precisamente por eso hablo de asignar prioridades cuando planificamos, así como de identificar cuáles son las Tareas Más Importantes (TMI) del día, de la semana y del mes.
Aunque cuesta horrores hacerse a la idea de que hay cosas que al final no las haremos, llega un momento donde tienes que asumir que no puedes hacerlo todo. Por eso es importante identificar lo urgente de lo importante, cosa que lleva un tiempo, desde luego.
Cuando se está en plantilla, es fácil organizarse porque simplemente tienes que hacer lo que los demás te mandan. Pero cuando eres autónomo, tienes que centrarte en prioridades. Mientras hagas lo que de verdad tengas que hacer, te podrás ir a la cama tranquilo aunque haya otras cosas que no hayas hecho. Y si una tarea lleva muchísimo tiempo ahí pendiente… elimínala y a otra cosa, mariposa. Por eso soy partidario de lo que se dice en ZTD: si intuyes que tardarás mucho en empezar una tarea, ni siquiera la anotes. Si de verdad es importante, ya te vendrá a la mente en el momento adecuado.
Un saludo,
Pablo