Hola, Jorge:
¿Nos puedes detallar qué archivos son los problemáticos? Habría que afinar los ajustes porque es posible que haya alguna opción que no esté bien.
Alternativamente, puedes incrustar subtítulos también con Subtitle Edit en las versiones más actualizadas desde el menú Video/Generate video with burned-in subtitle… Te recomiendo esta solución por ser mucho más sencilla y directa que FormatFactory.
Un saludo.